Python
TFRecord フォーマットは、TensorFlow がサポートしているデータセットの表現形式の一つ。 このフォーマットは、一言で表すと TensorFlow で扱うデータを Protocol Buffers でシリアライズしたものになっている。 特に、Dataset API との親和性に優れていた…
今回は、Luigi で複数のタスクが共通のパラメータを扱う方法について考えてみる。 ここらへん、調べてもあまりドキュメントなどが出てこなかった。 なので、ソースコードを読んでリバースエンジニアリング的に「こういう風にできそう」と判明した内容を書い…
今回は Jupyter の IPython Kernel に、スタートアップスクリプトを登録する方法について書いてみる。 スタートアップスクリプトというのは、カーネルの起動時に読み込まれるコードのこと。 IPython Kernel というのは、いわゆるフツーのノートブックを Jupy…
今回は、Python のデータパイプライン構築用フレームワークの Luigi から、Amazon 以外が提供している S3 互換のオブジェクトストレージを利用する方法について書いてみる。 S3 互換のオブジェクトストレージとしては、ひとまず以下のエントリで紹介した Min…
MinIO は Amazon S3 互換のオブジェクトストレージを提供する OSS のひとつ。 たとえばオンプレ環境でオブジェクトストレージを構築したいときや、手元で S3 を扱うアプリケーションの動作確認をするときなんかに使える。 今回はそんな MinIO を AWS CLI と …
Streamlit は、ざっくり言うと主にデータサイエンス領域において WebUI 付きのアプリケーションを手早く作るためのソフトウェア。 使い所としては、ひとまず動くものを見せたかったり、少人数で試しに使うレベルのプロトタイプを作るフェーズに適していると…
XGBoost は同じデータセットとパラメータを用いた場合、学習に使うデータの量 (行数) と最適なイテレーション数が線形な関係にあることが経験的に知られている 1。 今回は、それが同じ GBDT (Gradient Boosting Decision Tree) の一手法である LightGBM にも…
今回は、LightGBM が構築するブースターに含まれる決定木を可視化した上で、その分岐を追いかけてみよう。 その過程を通して、LightGBM の最終的な出力がどのように得られているのかを確認してみよう。 使った環境は次のとおり。 $ sw_vers ProductName: mac…
Jupyter を使ってデータを可視化していると、似たようなグラフを何度も描くことがある。 そんなとき、変数の値を変更しながらグラフを描画するセルを実行しまくるのは効率があまりよくない。 そこで、今回は ipywidgets を使って簡単な UI を作ることで、Jup…
表題のとおりなんだけど、NumPy の empty() や zeros() は呼び出した直後はメモリの RSS (Resident Set Size) が増えない。 ようするに、呼び出した直後は配列に物理メモリが割り当てられていない、ということ。 今回は、そのせいでちょっとハマったのでメモ…
今回は、TensorFlow2 のプリミティブな API を使って、自動微分と勾配法で計算グラフを最適化する方法が気になったので試してみた。 普段は Keras (tf.keras) を使ったミニバッチ学習をすることが多いけど、データのサイズが小さければバッチ学習で解く選択…
(2021-02-02 追記): 共起行列の計算を NumPy の Integer array indexing を使った実装にした オライリーの「ゼロから作るDeep Learning ❷ ――自然言語処理編」を読んでいる。 この中に、カウントベースで計算する初歩的な単語の分散表現が紹介されていて、な…
表題のとおりなんだけど、最近 Python の REPL に複数行のコードをペーストしたときの挙動が以前と変わってしまい困っていた。 その Python というのは、具体的には Homebrew でインストールしたものや、Pyenv を使ってソースコードからビルドしたもの。 使…
CUDA を利用する Python のパッケージは、多くの場合それ自体のバージョンだけでなく対応している CUDA Toolkit や cuDNN のバージョンまで気にする必要がある。 なんだか環境やコンテナイメージを作るたびに確認する方法や互換性について調べている気がする…
今回は、Python の O/R マッパーである SQLAlchemy について。 テーブルを定義した時点のモデルには無かったインデックスを、後から追加する方法についてメモしておく。 なお、実務における RDBMS のスキーマ変更に関しては、Alembic のようなフレームワーク…
OmegaConf は、Python の Configuration フレームワークのひとつ。 Hydra が低レイヤー API に利用している、という点が有名だと思う。 というより、Hydra を使おうとすると OmegaConf の API が部分的にそのまま露出していることに気づく。 なので、OmegaCo…
以前、このブログでは MLflow Models の使い方について以下のようなエントリを書いた。 この中では、Custom Python Models を作るときに、データを Python の Pickle 形式のファイルとして永続化していた。 今回は、それ以外のファイルにデータを永続化する…
SHAP は協力ゲーム理論にもとづいて機械学習モデルを解釈する手法と、その実装を指している。 今回は、あまり理論の部分には踏み込むことなく、使い方を中心として書いていく。 使った環境は次のとおり。 $ sw_vers ProductName: Mac OS X ProductVersion: 1…
今回は LightGBM の cv() 関数について書いてみる。 LightGBM の cv() 関数は、一般的にはモデルの性能を評価する交差検証に使われる。 一方で、この関数から取り出した学習済みモデルを推論にまで使うユーザもいる。 今回は、その理由やメリットとデメリッ…
今回は特徴量選択 (Feature Selection) の手法のひとつとして使われることのある Null Importance を試してみる。 Null Importance というのは、目的変数をシャッフルして意味がなくなった状態で学習させたモデルから得られる特徴量の重要度を指す。 では、…
パフォーマンスの観点からいえば、データをコピーする機会は少ないほど望ましい。 コンピュータのバスの帯域幅は有限なので、データをコピーするには時間がかかる。 NumPy の配列 (ndarray) には、メモリを実際に確保している配列と、それをただ参照している…
最近 LightGBM にコントリビューションする機会を得たので、その際に調べたことの備忘録を残しておく。 現時点では、Python 周りの開発環境についてドキュメントは特に見当たらないようだった。 以下は CI 環境のスクリプトやエラーメッセージを読みながら雰…
フーリエ変換は音声データに対して用いられることが多い手法だけど、画像データにも応用が効く。 音声データの場合、フーリエ変換を使うことで時間領域の情報を周波数領域の情報に直せる。 それに対し、画像データでは空間領域の情報を周波数領域の情報に直…
UMAP (Uniform Manifold Approximation and Projection) は次元削減手法のひとつ。 似た手法としては t-SNE (t-distributed Stochastic Neighbor Embedding) があるけど、それよりも高速らしい。 公式のベンチマークが以下で紹介されていて、t-SNE に比べる…
今回は、以下のエントリを XGBoost で焼き直したもの。 つまり、XGBoost でも cv() 関数から学習済みモデルを取り出して Fold Averaging してみようという話。 blog.amedama.jp 使った環境は次のとおり。 $ sw_vers ProductName: Mac OS X ProductVersion: 1…
今回は MLflow Tracking のすごーく細かい話。 ソースコードを読んでいて、ハマる人もいるかもなと思ったので書いておく。 結論から先に書くと、MLflow Tracking には次のような注意点がある。 MLflow Tracking で標準的に使う API はマルチスレッドで Run …
MLflow は MLOps に関連した OSS のひとつ。 いくつかのコンポーネントに分かれていて、それぞれを必要に応じて独立して使うことができる。 今回は、その中でも実験の管理と可視化を司る MLflow Tracking を試してみることにした。 機械学習のプロジェクトで…
Optuna v1.5.0 では、LightGBM インテグレーションの一環として LightGBMTunerCV という API が追加された。 これは LightGBM の cv() 関数を Step-wise algorithm で最適化するラッパーになっている。 つまり、重要ないくつかのパラメータを Step-wise で調…
今回は Keras に組み込みで用意されていない独自の評価指標 (カスタムメトリック) を扱う方法について書いてみる。 なお、Keras でカスタムメトリックを定義する方法については、以下の公式ドキュメントに記載がある。 keras.io 使った環境は次のとおり。 Ke…
Python の gensim には自然言語処理 (NLP) に関する様々な実装がある。 そして、その中のいくつかのモジュールには FAST_VERSION という定数が定義されている。 この定数は環境によって異なる値を取って、値によってパフォーマンスが大きく異なる場合がある…
